阿壩藏族羌族自治州疾病預防控制中心組建于2002年12月26日，前身為阿壩州衛生防疫站、阿壩州皮防所，成立于1956年9月5日。是經阿壩州委、阿壩州人民政府批準成立的正縣級行政管理類衛生事業機構，承擔全州疾病預防與控制、突發公共衛生事件調查與處置、兒童免疫規劃與實施、重大疾病防控與規劃、大骨節病等地方病及包蟲病等寄生蟲病綜合防治、食品安全等五大衛生領域健康危害因素監測、致癌物等有毒有害場所監測與控制、促進公共衛生均等化等工作。負責對各縣疾病預防控制中心工作進行技術指導，開展醫療機構消毒等檢測與管理工作。編制105名，內設辦公室、健康教育所、傳染病管理所、免疫規劃所、質量管理科、人事科、地方病防治研究所、衛生監測檢驗中心、職業衛生與中毒控制科、病毒性疾病預防控制科、公共衛生監測所、皮膚病性病防治研究所、慢性病防治研究所、規劃財務科14個所科室。單位多年被州委、州政府評為文明單位、最佳文明單位，多次榮獲國家、省、州先進集體和優秀單位榮譽稱號，獲中共阿壩州委員會、阿壩州革委會“勇攀科學技術高峰”稱號。