中心成立于1952年，是河南省建立最早的地級市衛生防疫站，2004年更名為開封市疾病預防控制中心，同年12月中心機構規格由副縣級調整為正縣級。2006年6月，由東大街90號整體搬遷至開封市漢興路155號。目前中心實驗室面積達3071.5平方米，建有局部百級無菌實驗室、萬級霉菌實驗室、常壓P2生物實驗室、負壓P2生物實驗室、艾滋病初篩確認負壓P2生物實驗室、PCR分子生物實驗室等微生物實驗室，電感耦合等離子體質譜儀(ICP-Ms)、氣相色譜/三重串接四極桿質譜儀（GC-MS-MS）、超高壓液相色譜/三重串接四極桿質譜儀(LC-MS-MS)等大型儀器實驗室，常用色譜實驗室、光譜實驗室、普通儀器實驗室。能開展免疫學、分析化學、分子生物學及健康相關產品微生物檢測、理化檢測、寄生蟲病病原學檢測，職業衛生場所監測、公共衛生場所監測、生活飲用水檢測、居住環境有毒有害因素監測等共計檢測634項（食品類323項、非食品類311項），檢驗設備達標率在95%以上。中心實驗室被批準為開封市唯一一家預防醫學重點實驗室，并已取得實驗室“資質認定計量認證證書”、“食品檢驗機構資質認定證書”、“職業衛生技術服務機構資質證書”、“公共場所衛生技術服務機構資質證書”。中心疫情網絡直報、信息交流、數據傳遞等工作實現了網絡化、快速化和無紙化辦公。中心在河南省級專項工作中，從屠宰場冷藏后整禽中分離出一株罕見科瓦利斯沙門氏菌（Corvallis），被國家菌種庫作為標準菌株收藏。主要工作職能 中心的主要工作職能是開展傳染病、寄生蟲病、性病艾滋病、地方病、學生常見病、慢性非傳染性疾病及消毒蟲媒生物等疾病的預防與控制；承擔突發公共衛生事件應急處置，疫情報告及健康相關因素信息管理；食品、化妝品、涉水產品等與健康相關的生活用品衛生學監測及衛生毒力學實驗與應用研究；實驗室監測分析與評價；健康教育與健康促進的技術指導與應用；職業病防治、射線防護、從業人員健康體檢、大眾健康體檢等預防醫學領域的各項工作和全市重大活動公共衛生保障；同時承擔著對所轄縣、區疾病預防控制機構的業務指導、考核和技術示范職能。同時還是鄭州大學、河南中醫學院、新鄉醫學院等多所高等醫學院校的實習教學基地。