醫院始建于1949年，原名衡陽市立人民醫院，其后曾改名為衡陽市立第一人民醫院、衡陽醫專附屬醫院、衡陽醫學院附屬醫院、2000年更名為南華大學附屬第二醫院，是湖南省繼湘雅附一、附二醫院之后的第三家教學醫院，是一所集醫療、教學、科研為一體的大型綜合性三級甲等醫院，，是省、市、縣職工及居民醫保、工傷保險、鐵路醫保、新型農村合作醫療定點醫院，是全國百姓放心醫院和中國百強醫院。經過70年的發展，現已形成新院區和東院區（胸心醫學中心）“一院兩址”的格局。 醫院布局錯落有致，建筑別具風格，環境優雅舒適，享有“園林式醫院”之美稱。兩院區總占地150多畝，總建筑面積達16萬平方米，合計編制床位1850張。泌尿外科、神經外科、普外科、神經內科、消化內科、呼吸內科及護理專業為省級臨床重點(建設)專業；泌尿外科、消化內科、神經內科和重癥醫學科系湖南省廳直臨床重點專科。