醫院前身是1970年從北京下放至江西的中國醫學科學院整形外科醫院。目前，醫院五塊牌子，一套人馬，分別是江西省腫瘤醫院、江西省腫瘤研究所、江西省第二人民醫院、江西省癌癥中心、南昌大學附屬腫瘤醫院，成為醫療、預防、教學、科研、安寧為一體的全省腫瘤防治科研中心，以腫瘤診治、整形修復為專科特色，兼顧綜合疾病診治的全省唯一的省級三級甲等腫瘤專科醫院。醫院設有33個臨床、醫技科室，18個單病種臨床科室35個病區。編制床位1650張，開放床位2017張。擁有1個國家臨床重點專科（護理學科），2個省臨床重點專科（胸部腫瘤外科、中醫腫瘤科），4個省醫學領先學科（胸部腫瘤外科、放射腫瘤學科、腫瘤科（肺部腫瘤）、頭頸腫瘤外科），4個省腫瘤性疾病診治中心（江西省腫瘤放療中心、江西省腫瘤化療中心、江西省肝腫瘤診斷治療中心、江西省乳腺腫瘤診斷治療中心）。