妒殺韓非
　　正當李斯步步高升的時候，秦王卻十分喜愛韓非的才華。韓非和李斯是同學，他繼承了荀子的學說，并在此基礎上，把慎到的“勢”，商鞅的“法”，申不害的“術”結合起來，并加以豐富和發展，形成了一套完整的君主專制理論。韓非是戰國末期的一位大思想家，學問比李斯大得多。韓非因說話口吃，不善辯說，但善于著述。韓非回到韓國以后，看到韓國太弱，多次上書獻策，但都未能被采納。于是，韓非發憤著書，先后寫出《孤憤》、《五蠹》、《說難》等。他的書傳到秦國，由于講的都是“尊主安國”的理論，秦王非常贊賞韓非的才華，并說：“我要是能見到此人，和他交往，死而無恨。”不久，因秦國攻韓，韓王不得不起用韓非，并派他出使秦國。秦王很喜歡韓非，但還沒有決定是否留用。李斯知道韓非的本事比自己大，害怕秦王重用他，對自己的前途不利，就向秦王講韓非的壞話。他說：“韓非是韓王的同族，大王要消滅各國，韓非愛韓不愛秦，這是人之常情。如果大王決定不用韓非，把他放走，對我們不利，不如把他殺掉。”秦王輕信李斯的話，把韓非抓起來。根據秦國法令的規定，獄中的囚犯無權上書申辯。韓非到秦國以后，又得罪了姚賈。姚賈為秦國立過功，深得秦王的重用，被任命為上卿。韓非卻向秦王說，姚賈出身不高貴，當過大盜，在趙國做官時被趕跑了，認為用這樣的人是很不應該的，使得秦王很掃興。事后秦王又向姚賈問起韓非，姚賈當然不會講韓非的好話。在李斯和姚賈的串通下，韓非沒有辦法，只好吃了李斯送來的毒藥，自殺而死。從此以后，李斯沒有對手，更可以施展自己的才能，為秦王統一六國出謀劃策了。郡縣制與焚書秦王政二十六年（前221年），秦王結束了長期分裂的割據局面，統一了中國，建立了一個東到大海，南達嶺南，西至甘青高原，北至今內蒙古、遼東的空前的大一統國家。秦王，這時已稱為秦始皇了。為了鞏固這個統一的國家，李斯也是做了一定貢獻的。
　　（另有一說，李斯一直想將韓非留在秦國，等秦滅韓之后再為秦國所用。但由于韓非之書《韓非子》對于帝王之術、統治之術的分析過于透徹，導致秦王嬴政對其才華感到恐懼，加上韓非的三條不利于秦國發展的建議、姚賈的陷害，使秦王政將韓非下獄拷打。李斯實心欲救韓非，曾幫韓非呈韓非絕筆之作《初見秦》于秦王政，無奈秦王政鐵心欲除韓非。后秦王政以韓非書中《八經》之三中除“陰奸”之術施于韓非：令李斯去處理韓非一案（結合之前所言即讓李斯殺死韓非），嫁禍于李斯，從而不背罵名。李斯無奈，只得從命而下毒于韓非飲食，使韓非暴斃而亡。）
　　這一說法出自曹升的《流血的仕途》一說，但爭議頗大。
　　歷史上對于《初見秦》一書的作者多有歧義，有范雎作，荀子作，呂不韋作，張儀作等多種說法。但基本可以肯定的是并不是韓非本人親筆。（理由有四：1.《初見秦》文中十次稱秦昭襄王為“大王”，但韓非在秦昭襄王時期并未到秦，此其一也。2.文中曾提到“舉趙而韓亡”，這種“亡韓”的觀點與韓非向來“存韓”的觀點并不相符，此其二也。3.文中曾提到“逾羊腸，降代、上黨”“上黨六十七縣，不用一領甲，不苦一士民，此皆秦有也”。公元前261年，韓割上黨郡以向秦求和。而韓非入秦應為公元前234年左右，作為《說難》一文的作者，相信他不會勸說秦王占領已經屬于秦國的土地。4.《初見秦》一文與《戰國策 張儀說秦王》相似度極高）。

焚書
　　秦始皇三十四年（前213年），群臣聚集在咸陽宮稱頌秦始皇時，博士淳于越很不知趣，向秦始皇說：殷周之所以存在千年，是因為它把天下分封給子弟和功臣。天下如此之大，宗室子弟沒有封地，和百姓一樣，萬一發生了齊國陳恒、晉國六卿之變，又有誰來相救呢？凡是不以古為師而天下能長久的，沒有聽說過。淳于越是以儒家的立場來看待秦朝的政治，同秦始皇的思想和行動是格格不入的，使得秦始皇大為不滿，把淳于越交給丞相李斯處理。李斯不贊同淳于越的看法，他向秦始皇闡述了自己的觀點。他認為：由于時代的變化，五帝三代的治國辦法也不同。三代時期的做法，也并不值得效法。那時候諸侯并列，互相爭奪，天下統一，情況完全不同，不必效法古代。以古非今，攪亂民心。對于造謠惑眾，不利于統一天下的言行必須禁止，否則將會影響政局的穩定，有損于皇帝的權威。最后，他又把這一切都歸罪為讀書的緣故，建議秦始皇下令焚書。
　　按照李斯制定的法令，那是相當殘苛的。凡是秦記以外的史書，不是博士（指掌管古今文史典籍的官）所藏的詩、書、百家語都要燒掉，只準留下醫藥、卜筮、種樹之書。此后，如果有敢再談論詩書者“棄市”（指在鬧市區執行死刑，并將尸體暴露街頭，稱為棄市）；“以古非今者族，（指一人有罪，父母兄弟妻子皆受刑，稱為族）”；官吏如果知道而不檢舉者，與之同罪；令下后三十日仍不燒者，黥(意為用刀刺刻額頰等處)再潦上墨為“城旦”（一種刑罰，輸邊筑長城四年）。有想學習法令的，要以吏為師。
　　這次焚書的原因，是由于討論是否分封的問題而引起的，無論是主張分封還是反對分封的大臣，都是為了秦始皇長久統治打算，他們并無根本利益上的對立。李斯借題發揮，最后竟造成焚書的結局，也不是沒有緣由的。
　　秦國自商鞅變法以來，一直是以法家理論作為治國的指導思想。秦始皇統一天下之后，也是以法家治國的。在他當皇帝的九年中，主要精力是用在建立中央專制政權，劃定全國疆域，統一文字度量衡，修筑長城等，對文化思想方面很少注意。淳于越以儒家思想為秦始皇出謀劃策，是不利于秦的中央集權統治的。因此，善于領會秦始皇意圖的李斯，為了打擊儒家勢力，鞏固統一政權，提出了上述焚書的主張，得到了秦始皇的同意和批準。于是，秦始皇下令焚書，先秦許多文獻古籍都被燒掉了，使中國文化遭到了巨大的損失。然而，另一方面秦始皇也曾將一些禁書收藏在咸陽皇家圖書館，使得部分珍貴書籍得以保存了下來。

　　李斯的一生，絕大部分時間都是在實踐著法家思想的。他重新受到秦王政的重用后，以卓越的政治才能和遠見，輔助秦王完成了統一六國的大業，順應了歷史發展的趨勢。秦朝建立以后，李斯升任丞相。他繼續輔佐秦始皇，在鞏固秦朝政權，維護國家統一，促進經濟和文化的發展等方面做出了卓越的貢獻。他建議秦始皇廢除分封制， 實行郡縣制。又提出了統一文字的建議，之后又在統一法律、貨幣、度量衡和車軌等方面付出了巨大努力。這些措施，都是以法家的加強中央集權和君主專制為指導的。李斯在他生平的后期，雖然將法家的思想推向了極端化，但是他僅僅是一個提出者，而不是一個完全的執行者。并且，此時的李斯，已經徹底蛻變，他寫《督責書》，很大的原因是為“阿二世意，欲求容”，此時的李斯，已經沒有了“以法治國”的志向。他已經不再代表法家了。因此，李斯后期的思想是否應該歸入法家的體系，是值得商榷的。因此，李斯歸根到底還是一個法家的最完全的執行者。