芳村小學前身為至愛初等小學堂，地址在謝氏宗祠內，還有觀潮和碧溪兩間祠堂作為教學和學生活動場所。學堂創辦于光緒三十一年（1905年）。當年，旅美僑領謝行川先生有感家鄉子弟求學困難，集資捐建學校。他從海外回國后，重修當時的謝氏學堂，改名為至愛初等小學堂。當時的校訓是“至誠、親愛、勤奮、刻苦”。

至愛小學堂又是革命的搖籃，1924年在這里成立了廣州市郊區第一個農民協會，成為訓練農民自衛軍的基地，培養了一批批革命志士。

1938年期間，由于芳村中市一帶遭到恐怖鎮壓，不少居民逃離中市到別處居住，因此，至愛小學停辦了幾年。1944年，學堂繼續開辦，1945年改名為至愛小學校。

建國初期，至愛小學仍為私立學校，1956年改為公立學校，先后定名為芳村第三小學、塘邊街小學，“文化大革命”期間，更名為東方紅小學，1978年改名為芳村小學。作為當時區內四所中心小學之一，學校辦學規模發展較快，教育教學質量也在區內穩居前茅，1995年學校被評為省一級學校。1998年，增設紅棉苑分校。

2003年7月6日，學校整體搬遷至翠竹苑小區，掀起了發展史上的新篇章。新校園占地面積13315平方米，建筑面積13599平方米。

學校以“崇真尚美”為辦學理念，圍繞“弘揚傳統美德、兼容中西文化、塑造崇真品格、奠基理想人生”的辦學思路，全力打造“人文科技”的辦學特色。